JT-60制御システムでは、プラントを安全に保つために、何らかの不具合（「非標準事態」と呼んでいる）が発生した場合でも、プラント全体を保護するリレーロジックとハードワイヤード（リレー信号を伝える金属導線）とで構成されたシステム「保護インターロックシステム」が用意されている。
  保護インターロックシステムには、JT-60を構成する各設備で発生した非標準事態が、他設備またはJT-60全体に影響を及ぼす恐れのある場合に、保護指令を出力しプラント全体を安全に停止する。
また、これに加え、警報監視、非標準事態が起こったときの原因同定機能、制御インターロック（操作条件が整わないと次の操作が行えないようにする安全機能）も備え、不具合を監視したり、誤操作を防止する。

●保護動作
  JT-60で想定される非標準事態項目数は、約１００点である。保護動作は、最もエネルギーの高い状態であるプラズマ放電中での発生を想定し、そこで行う論理演算は、リレーを組み合わせた回路により実行される。具体的な動作指針は、真空容器本体の安全を確保しつつ、プラズマを可能な限り速やかに停止させると共に、関連機器も非標準事態の内容に対応した停止動作を行うということである。下図の例は、地震発生（震度４以上）時の保護動作。